1. Создать ярлык к этой программе и в его свойствах на вкладке Ярлык указать Окно: Свёрнутое в значок
  2. Можно запускать из консоли с помошью cmd или bat-файла.

 start /Dпуть /MIN [команда/программа] [параметры]

где путь - рабочий каталог
для полной справки, в консоли набрать start /?